従業員マスター登録（代理設定）の画面で、承認権限があるはずの従業員に、代理承認のチェックボックスが表示されません。

代理元の従業員が「承認権限と最終承認権限」を持っている場合、代理先の従業員も同じ権限を設定されている必要があります。
「承認権限のみ」では代理先に設定できませんので、「最終承認権限」も付与してください。