「適格フラグ別の消費税区分設定」を使用している場合、少額の交通費や自販機利用のような領収書が発行されない経費精算について、消費税区分を課税にするにはどのような設定が必要になりますか？

領収書データが存在しない状態で内訳を選択すると、該当の内訳マスターの「フラグなし」に登録されている消費税区分が設定されます。
必要な場合は、現在使用している内訳とは別に「適格請求書フラグなし」の場合でも「課税」の消費税区分が紐づく内訳を作成してください。