基本システム設定にて「入力内容に不備があります。税(控)が申請書カスタマイズで使用項目に設定されている為、申請時の消費税区分変更を許可しないに設定できません。」というエラーメッセージが表示されます。

明細に「税(控)」項目が設定されている状態で、「申請時の消費税区分の変更」を「許可しない」へ変更すると該当のエラーメッセージが表示されます。
【申請書カスタマイズ】にて「税(控)」を明細項目から外していただいてから、再度「申請時の消費税区分の変更」を設定してください。